工商登记制度改革后，对企业税务合规性提出了新的要求。企业应积极识别税务风险点，建立适合自身的税务风险管理制度。

风险一：未按时办理税务登记

目前，在公司成立阶段实行的是“先工商后税务”的处理原则，即先进行工商登记，后进行税务登记。深圳税务机关调查显示，实行注册资本登记制度改革以来，新办税务登记纳税户数增幅明显，但与深圳市市场监督管理局公布的同期新增商事登记主体数量存在一定的差距，部分新增商事主体未按期办理税务登记。

税收征管法第十五条规定，企业，企业在外地设立的分支机构和从事生产、经营的场所，个体工商户和从事生产、经营的事业单位自领取营业执照之日起30日内，持有关证件，向税务机关申报办理税务登记。

税收征管法第六十条规定，纳税人未按照规定的期限申报办理税务登记、变更或者注销登记的，由税务机关责令限期改正，可以处2000元以下的罚款；情节严重的，处2000元以上1万元以下的罚款：纳税人不办理税务登记的，由税务机关责令限期改正；逾期不改正的，经税务机关提请，由工商行政管理机关吊销其营业执照。

风险二：税务登记信息失真

目前，国税、地税共用一套系统，与市场监督管理局联网，自动实时采集经营范围等工商登记信息。然而对于获得的纳税人数据，税务机关经过核查发现，许多新增商事主体存在法定代表人或业主不实、企业不在注册地址经营、无法联系等现象。

税收征管法实施细则第十四条规定，纳税人税务登记内容发生变化的，应当自工商行政管理机关或者其他机关办理变更登记之日起30日内，持有关证件向原税务登记机关申报办理变更税务登记。

税收征管法第六十条第一款规定，纳税人未按照规定的期限申报办理税务登记、变更或者注销登记的，由税务机关责令限期改正，可以处2000元以下的罚款；情节严重的，处2000元以上1万元以下的罚款。

    风险三：虚假注册资金

虚假出资，指股东表面上出资而实际未出资，本质特征是股东未支付相应对价而取得公司股权。

《国家税务总局关于企业投资者投资未到位而发生的利息支出企业所得税前扣除问题的批复》（国税函〔2009〕312号）规定，凡企业投资者在规定期限内未缴足其应缴资本额的，该企业对外借款所发生的利息，相当于投资者实缴资本额与在规定期限内应缴资本额的差额应计付的利息，其不属于企业合理的支出，应由企业投资者负担，不得在计算企业应纳税所得额时扣除。

风险四：股权计税基础确认

注册资本制度改革后，由实缴制改为认缴制，带来的另一个税收问题是，如何确定原始股东股权的计税基础。这直接影响原始股东转让股权时的应税所得。

原始股东无论是货币出资还是非货币出资，出资额一般被计入实收资本，实收资本就是税法上讲的股权的计税基础。税法关于资产计税基础的一般规定是历史成本，所谓成本是实际发生的支出。按照上述原则，原始股东股权的计税基础应该是实际缴纳的出资额，而不应是认缴数。在缴纳全部认缴数之前，股权的计税基础应该是变动的。

因此，注册资本登记制度改革后，关于原始股东股权的计税基础，如果以实际缴纳的出资额为准，更符合税法关于计税基础的一般原则。由于注册资本登记制度的改革，需要修改公司法并待人大通过之后，改革方案才能真正落实，但由此可能引发的税收问题，需要纳税人格外关注。

    风险五：注销清算不实

在公司股权变更、公司注销等阶段实行“先税务后工商”的原则，需要先了结税务问题，再进行工商变更、注销。注册资本登记制度改革后，企业在注销清算过程的主要涉税风险，来源于企业在注销过程中未按税法规定处理涉税事项可能导致的多缴或少缴税款的风险。

有些企业被工商等部门吊销营业执照而发生解散、终止经营等情形，但企业怠于履行清算程序；有些企业在清算期间对应该、或者可以进行处置的流动资产（如存货）、固定资产（如机器设备、房屋）和无形资产（如土地使用权）等不进行处置，对有关债权和债务不及时进行清理处置；有些企业尽管履行了清算程序，但清算前并不通知税务机关，税务机关被排除在清算之外，企业办理税务注销时也不提供清算报告。这些未规范履行税务注销清算程序的行为，都为企业带来了涉税风险。

风险六：虚开增值税专用发票

税收监管工作中，发票管理是重中之重。

《国家税务总局关于纳税人虚开增值税专用发票征补税款问题的公告》（国家税务总局公告2012年第33号）规定，纳税人虚开增值税专用发票，未就其虚开金额申报并缴纳增值税的，应按照其虚开金额补缴增值税；已就其虚开金额申报并缴纳增值税的，不再按照其虚开金额补缴增值税。税务机关对纳税人虚开增值税专用发票的行为，应按税收征管法及发票管理办法的有关规定给予处罚。纳税人取得虚开的增值税专用发票，不得作为增值税合法有效的扣税凭证抵扣其进项税额。