一、股权转让所得不区分被投资企业的留存收益和投资转让收益。

　　股权转让所得是指股权转让价减除股权成本价后的差额。《国家税务总局关于加强非居民企业股权转让所得企业所得税法管理的通知》(国税函〔2009〕698号)第三条规定，股权转让价是指股权转让人就转让的股权所收取的包括现金、非货币资产或者权益等形式的金额。如被持股企业有未分配利润或税后提存的各项基金等，股权转让人随股权一并转让该股东留存收益权的金额，不得从股权转让价中扣除。股权成本价是指股权转让人投资入股时向中国居民企业实际交付的出资金额，或购买该项股权时向该股权的原转让人实际支付的股权转让金额。

　　《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》（国税函〔2010〕79号）第三条规定，企业转让股权收入，应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现。转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。

　　所有者权益包括股东投入资本，如实收资本(股本)、资本公积(资本溢价)，未分配利润，盈余公积等。其中，股本与资本公积中的溢价是股东的投入资本，未分配利润、盈余公积一般是税后形成的，称作企业的留存收益。股权转让收入扣除为取得该股权所发生的成本后，可能含有未分配利润、盈余公积等留存收益，资本公积中除资本溢价的部分，如按会计制度规定记入接受的捐赠收入、不再支付的应付未付款项、重组收益等。根据上述698号文和79号文的规定，无论是居民企业还是非居民企业，股权转让所得为股权转让收入扣除股本与资本溢价中相当于股权计税基础的部分，不区分被投资企业的留存收益和投资转让收益作相关税务处理。

　　例：2007年10月，居民企业甲以7000万元，投资境内乙居民企业，乙企业股本为20000万元，占35%的股权。2010年10月，甲将持有的乙企业35%的股权以8000万元的价格全部转让给丙，转让时乙企业的未分配利润为2000万元，盈余公积500万元。

　　本例属居民企业股权转让业务，根据上述79号文的规定，甲转让拥有的乙的股权，取得转让收入8000万元，其拥有乙35%的股权的计税基础为7000万元，甲转让给丙的股权转让所得为1000万元(8000－7000)，不区分甲转让前拥有的未分配利润、盈余公积等留存收益部分。

　　甲取得的股权转让所得1000万元，应并入当期应纳税所得额，一并申报缴纳企业所得税。如果甲是非居民企业，在境内设立机构、场所的，其取得的股权转让所得1000万元，应以法定税率申报缴纳企业所得税；如甲在境内未设立机构、场所，或虽设立机构、场所，但取得的该项股权转让所得与所设立的机构、场所没有实际联系的，也就是该项股权的投资、管理不是由甲在境内所设立的机构、场所直接负责管理、控制的，其取得的股权转让所得1000万元，属于企业所得税法第三条第三款规定的所得，应按企业所得税法第四条第二款的规定适用20%的税率，并按企业所得税法实施条例第九十一条的规定减按10%的税率征收企业所得税。

　　对于属于企业所得税法第三条第三款规定的所得的，按企业所得税法第三十七条的规定，应实行源泉扣缴。如果受让人丙是境内单位或个人，则丙应依法履行源泉扣缴义务。但如果丙是境外企业或个人，则丙无法履行扣缴义务。因此，698号文第二条明确：扣缴义务人未依法扣缴或者无法履行扣缴义务的，非居民企业应自合同、协议约定的股权转让之日(如果转让方提前取得股权转让收入的，应自实际取得股权转让收入之日)起7日内，到被转让股权的中国居民企业所在地主管税务机关（负责该居民企业所得税征管的税务机关）申报缴纳企业所得税。非居民企业未按期如实申报的，依照税收征管法有关规定处理。即在丙无法履行扣缴义务的情况下，甲有在乙所在地主管税务机关依法申报缴纳企业所得税的义务。

　　二、投资撒回或减少投资分别确认股息性所得和投资转让所得。

　　《国家税务总局关于企业所得税若干问题的公告》（国家税务总局2011年第34号）第五条规定，投资企业从被投资企业撤回或减少投资，其取得的资产中，相当于初始出资的部分，应确认为投资收回；相当于被投资企业累计未分配利润和累计盈余公积按减少实收资本比例计算的部分，应确认为股息所得；其余部分确认为投资资产转让所得。34号公告该项规定，类似于企业所得税法实施条例第十一条、《国家税务总局关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税[2009]60号)第五条关于清算业务的所得税处理。

　　仍以上例，如甲因投资战略改变，从被投资企业乙撤回其投资的35%的股权，乙企业支付8000万元，其他资料不变。根据34号公告，第一步，确定甲初始出资部分，即撤回投资部分的计税基础为7000万元；第二步，计算撤回投资部分在被投资企业乙中所拥有的相当于留存收益部分的份额，确认股息性所得，本例为875万元［(2000＋500)×35%］；第三步，计算确认投资转让所得，本例为125万元(8000―7000―875)。本例中，第二步计算的股息性所得，如符合企业所得税法第二十六条规定的，应确认为免税的权益性投资收益，第三步计算确认的投资转让所得，应并入当期应纳税所得额申报缴纳企业所得税。

　　实务中，并不都如上例，实际情况要复杂得多。一是企业投资撤回或减少投资，在任何情况下，因资本不为税，因此，首先要确认投资收回。如被投资企业经营情况不佳，出现内亏，即留存收益小于0，其撤回的投资额可能低于投入时的计税基础，在这种情形下，视留存收益为0，只确认投资损失；如被投资企业累积留存收益小于0，而投资撤回收到的资产大于投入时的计税基础，在这种情形下，也视留存收益为0，只确认投资转让所得。二是在投资完全收回的前提下，再确认留存收益，收回的资产减除投入时的计税基础和所拥有的留存收益后尚有余额的，才是投资转让所得，如上例。但如果余额小于0的，则为投资损失，应按资产损失税前扣除办法的相关规定向主管税务机关申报扣除。三是作为所有者权益的资本公积中，除资本溢价外的其他资本公积，为按会计制度、会计准则等财务会计规定直接计入所有者权益的利得和损失，该部分应为投资者所共有，一般为税后形成，因此，笔者认为，应当比照留存收益确认份额，并作相应的税务处理。

　　三、股权转让税务处理有筹划空间。